Понятие о рекомбинантных ДНК (традиционное и новаторское) уже рассматривалось нами в разделе VI. Рекомбинантными считаются такие молекулы ДНК, в которых оказываются химически соединены фрагменты, принадлежавшие ранее разным живым организмам.
  Чем современное понятие «рекомбинантные ДНК», используемое в данной теме, отличается от классического понятия о рекомбинации? В классическом понимании рекомбинация – это образование хромосом, т. е. молекул ДНК, в которых произошло комбинирование фрагментов генетического материала организма (или организмов) одного вида. Возможно, что это даже ДНК одного организма. Самый значительный источник комбинации (именно комбинации, а не рекомбинации в контексте данной темы) наследственных признаков в природе – это, конечно, половой процесс. Ведь при половом размножении гарантированно образуются потомки, которые получают наследственный материал двух разных живых организмов – отца и матери. При половом размножении, начиная от конъюгации у бактерий, в одном организме оказываются молекулы ДНК, которые образовались при «сшивании» двух разных молекул ДНК, ранее принадлежавших разным организмам – разным бактериям. Но у бактерий как прокариот весь геном представлен кольцевыми молекулами ДНК – нуклеоидами. У бактерий нет хромосом, и поэтому их ДНК, возникшую в результате конъюгации, вполне можно было бы назвать и рекомбинантной. Это не было бы ошибочным использованием термина. Однако само понятие «рекомбинация», как и термин «конъюгация», неоднозначно и используется в нескольких смыслах и значениях. Использование термина «рекомбинация» в контексте данной темы имеет иной смысл, чем рекомбинантная ДНК бактерий, возникшая в результате конъюгации.
  В ходе перекрестного оплодотворения в одном организме оказываются целые хромосомы, т. е. целые молекулы ДНК, которые принадлежали ранее разным организмам, относящимся к одному виду. Если это, конечно, не случайно возникший межвидовой гибрид, вроде мула или лигра. «Но при классическом половом процессе эукариот рекомбинантные молекулы ДНК не образуются», – скажете вы. Да, в ходе оплодотворения молекулы ДНК не обмениваются фрагментами, они остаются цельными, принадлежащими или отцу, или матери. В части из этих хромосом будут «работать» доминантные аллельные гены. Их рецессивные аналоги, находящиеся в другой гомологичной хромосоме, будут «отдыхать» при условии, что доминирование полное. При оплодотворении происходит комбинация (или рекомбинация) целых хромосом, а не фрагментов молекул ДНК. Именно комбинация или рекомбинация будут происходить в каждой профазе мейоза I. Как вы помните, обязательным условием окончания мейоза и образования гамет является кроссинговер с предшествующей конъюгацией. В данном случае нельзя пренебречь термином «рекомбинация». В результате кроссинговера образуются именно рекомбинантные молекулы ДНК. Фрагменты, из которых состоят хромосомы после кроссинговера, принадлежат отцовскому и материнскому организмам существа, в теле которого происходил мейоз. Однако можно возразить, что теперь эти хромосомы уже не принадлежат разным организмам отца и матери. Они принадлежат теперь одному организму – их потомку, который достиг половой зрелости, и в его клетках происходит мейоз как основная часть гаметогенеза.
  Еще одним природным способом формирования рекомбинантных ДНК являются хромосомные мутации – транслокации, часто скомбинированные с делециями, дупликациями и инверсиями. В результате такого рода мутаций также могут возникнуть рекомбинантные молекулы ДНК, но опять же, как и при конъюгации, они будут принадлежать либо одному организму, либо разным организмам одного вида.
  Встраивание генома вируса в геном клетки-хозяина также можно считать путем рекомбинации. Понятно, что такую ДНК нельзя считать полноценно рекомбинантной, если вирус вызвал заражение, и в результате клетка, вместо того чтобы оставить потомство с рекомбинантной ДНК, погибла. Но ведь далеко не всегда вирусы вызывают гибель клеток. В природе известны случаи, когда часть генома, включенная в ДНК клетки-хозяина вирусом, оставалась встроенной и не мешала дальнейшей жизнедеятельности. Роль несмертельных (не литических, а умеренных) вирусных частиц как источника рекомбинации на сегодня плохо изучена и остается во многом спорной.