Научными методами исследования окружающего мира являются наблюдение, эксперимент, измерения (их люди используют очень давно). Кроме этих методов, современные исследователи используют и другие.
Сравнительный метод используется, например, в сравнительной анатомии, когда изучают закономерности строения и развития органов животных с помощью их сравнения на разных этапах развития.
Моделирование используется, например, в биологии, когда создаётся модель растительного сообщества. Затем проводятся наблюдения за объектами сообщества при изменении условий жизни (температуры, влажности, освещённости).